Nepatvirtintais duomenimis, bažnyčios rūsiuose ilsisi apie keturis tūkstančius palaikų. XVI amžiuje šalia bažnyčios įsikūrė dominikonų vienuoliai. Statant ir plečiant bažnyčią, po ja buvo įrengti didžiuliai požemiai. Juose šimtmečiais buvo laidojami žmonės. Iš pradžių karstai buvo statomi tvarkingai, tačiau vėliau, siaučiant karams ir epidemijoms, mirusiuosius imta laidoti bet kaip.
Ar tikrai karų bei epidemijų siautimas Vilniuje kaltas dėl to "bet kaip" Šventosios Dvasios buožinyčios požemiuose?